Budovat klášter v období komunismu v ČSSR byl úkol naprosto neobvyklý. Dříve bylo toto budování výsadou panovníků a šlechticů, kteří předali řádům pozemky s objekty; na pozemcích byly budovány kláštery. V komunistickém Československu to bylo v socialistické jurisdikci nemyslitelné; jedinou právní skulinkou v tomto totalitním systému byla určitá možnost v rámci Ministerstva kultury – podniku Charity Praha svépomocí budovat tak zvané charitní budovy tím způsobem, že finanční prostředky na výstavbu – úspory sester (mzdy za zdravotnickou a sociální službu) byly předány jedné ze sester, která soukromě „prováděla“ výstavbu od projednání výstavby s úřady, zajištění dokumentace, stavebního povolení, vlastní realizaci stavby až po kolaudaci a uvedení stavby do provozu.

Zámeček byl pro provoz kláštera nevyhovující, a proto bylo potřebné provést značné stavební úpravy. Vedení stavby bylo na doporučení českobudějovického biskupa ThDr. Josefa Hloucha, svěřeno stavebnímu technikovi Zdeňku Jiráňovi z Českých Budějovic, který celou agendu vzal za svou. Výstavbě Lomce se věnoval téměř 15 let.
Klášter byl budován postupně. V předstihu bylo připraveno ubytování pro první 3 sestry v přízemí severního křídla tak, aby se mohly 24. 9. 1971 ubytovat.
Z nových objektů byl v r. 1972 postaven septik s částí kanalizace v severní části areálu kláštera. Celá kanalizace byla dokončena v r. 1974.

Intenzivně se prováděly stavební úpravy celé budovy farního úřadu.
V roce 1973 byla rozšířena stará škola a byla provedena nástavba 1. patra. Stavba je architektonicky řešena ve stejném stylu, jako je již stávající nová škola.
Rozhodujícím faktorem pro další rozšíření kláštera se stala voda. Stávající vodní zdroj – studna nestačila. Po různých nepříjemných dohadováních se podařil v r. 1975 přívod vody z vodojemu zajistit. 
Dále byla vybudována nová kotelna na lehký topný olej s příslušnými podzemními nádržemi.
Nová hospodářská budova (kuchyně, prádelna, sklady) s ubytovnou včetně spojovací chodby a atria byla velmi náročná stavba, neboť musela být vyprojektována v návaznosti na stávající objekty a měla by i architektonicky doplňovat lomecký klášter v jeden celek. Byla navržena do stávajícího svahu na západní straně od fary, prostor mezi farou a novostavbou byl využit jako atrium. Novostavba + spojovací chodba měla stejně přízemní výšku jako přízemí fary. Propojení s historickou částí kláštera bylo provedeno krytou chodbou v severní části. Z jihu jsou budovy propojeny ochrannou zdí, a tak vznikla malá rajská zahrada. To se podařilo v letech 1978 – 1983.

V přízemí byla umístěna kuchyně s umývárnou a sklady, prádelna, v 1. patře byly ložnice – cely kláštera a soc. zařízení. Protože bylo nutno rozšířit kapacitu kláštera, k tomu bylo za dva roky využito podkroví a vestavěny do jeho prostoru ložnice – cely. Zároveň byl postaven nákladní (i osobní) výtah.
Ve středu atria mezi budovami byla postavena socha Ježíše Krista plačícího nad mrtvým Lazarem, autorem byl sochař Benda (původně pomník 2 kněží zemřelých v koncentračním táboře).
Čelem do zahrady stojí socha Panny Marie ze Zeyerova domu ve Vodňanech, která byla komunisty vyhozena na smetiště a P. F. X. Votruba zařídil její vydání Šedým sestrám.              
Klášter byl vysvěcen Mons. Josefem Kavale dne 3. listopadu 1979. Byla rovněž posvěcena socha Krista. 
Nestačila kapacita kaple v prvním patře fary, proto byla postavena nová kaple Ducha svatého v jižním krčku po přestavbě bývalého bytu ředitelky školy v roce 1980. Také tato rekonstrukce byla velmi náročná. Budoucí kapli Ducha sv. bylo možné realizovat navzdory komunistickému režimu a podle přání biskupa ThDr. Josefa Hloucha, jako tak zvanou „společenskou místnost“ Charitního domova. 
Vysvěcení kaple Ducha sv., dne 29. 11. 1980, bylo vyvrcholením výstavby kláštera Šedých sester III. řádu sv. Františka na Lomci. Světitelem byl kapitulní vikář P. Josef Kavale za přítomnosti P. Stanislava Brabce, P. Františka Votruby a P. Jaroslava Liláka.
V r. 1982 byly ještě vybudovány garáže v severní části areálu kláštera. Tentýž rok byla ke zvonici přistavena márnice.

Ministerstvo kultury neváhalo využívat výjimečně krásného prostředí domova Šedých sester k propagaci, jak se stát stará o nemocné staré řeholnice, při tom na tom stát neměl žádný podíl. Jednou ve večerních hodinách přijelo náhle na Lomec několik aut. Jaké však bylo jejich překvapení, když uvítaly u vchodu do kláštera zástupce Svatého otce arcibiskupa Luigi Pogi – papežského legáta pro jednání Vatikánu s Čsl. vládou. Pana arcibiskupa z Vatikánu doprovázeli komunističtí funkcionáři a úředníci a také jemu se snažili namluvit, že se komunistický stát vzorně stará o Kongregaci Šedých sester na Lomci. Komunisté však měli smůlu, součástí doprovodu Luigi Pogi byl i jeho sekretář – český kněz. Sestry jeho prostřednictvím informovaly zástupce Vatikánu, že stát nedal na výstavbu žádné finanční prostředky a že si vše zařídily a zaplatily samy.

Krátce před tím provedla státní policie StB přepad kláštera a hledala zakázanou náboženskou literaturu, kterou sestry údajně rozmnožovaly. Slíbili další návštěvy, což také splnili. Sestry byly z tohoto přepadu vystrašené a v té době také spálily mnoho náboženské literatury.
Po r. 1989 pokračovalo další stavební vylepšování. V r. 1990 – 92 byla připravena a realizována čistička odpadních vod, která je umístěna v dřevěném srubu pod zvonicí. Byla zrušena kotelna na olej a topení zajišťují elektrické kotle pomocí tepelných čerpadel. Budovy dostaly novou fasádu, kolem budov je odvodnění. Kolem kláštera i v poutním areálu byly vyasfaltovány cesty a za zvonicí byly vybudovány nové toalety, sloužící návštěvníkům i poutníkům.